Mit „Exzellenz“ und „Bologna“ sind die beiden Themen genannt, die die ersten Jahre der LMU im 21. Jahrhundert besonders prägten. 2004 beschloss die bayerische Regierung hohe Einsparungen in allen Landesministerien. Um dieser Herausforderung zu begegnen, leitete die LMU mit dem Programm „LMUinnovativ“ einen Profilbildungsprozess ein, der im Prinzip bis heute andauert. In vier Fächergruppen und mithilfe von Gutachtern wurden Forschungsschwerpunktthemen definiert und gezielt gefördert. Denn im weltweiten Wettbewerb der Spitzenforschung ist die Konzentration auf ausgewiesene Schwerpunkte notwendig, ohne dass dabei die Grundstrukturen vernachlässigt werden dürfen. Der Erfolg der LMU in der Exzellenzinitiative 2006 geht daher wesentlich auf „LMUinnovativ“ zurück. In den Jahren 2008 und 2009 startete mit dem „50-40-10-Prozess“ ein neues Programm zur weiteren Profilbildung. Nach diesem sollen rund 50 Prozent aller bis zum Jahr 2016 frei werdenden Professuren in der bisherigen Ausrichtung, 40 Prozent in einer neuen Ausrichtung und 10 Prozent als Anschlussfinanzierung in die Exzellenzinitiative eingebracht werden. Insgesamt ist es der LMU in den vergangenen Jahren somit gelungen, ihr Forschungsprofil deutlich zu schärfen, finanziell nachhaltige Strukturen zu schaffen und internationales Renommee zu gewinnen. Das äußerst erfolgreiche Abschneiden der LMU in der zweiten Phase des Exzellenzwettbewerbs bewies den Erfolg dieses Profilbildungsprozesses.
Im Rahmen des Bologna-Prozesses, der europaweiten Öffnung und Vereinheitlichung der Hochschullandschaft, wurden an der LMU im Wintersemester 2009/10 die meisten Studiengänge umgestellt, zum Missfallen vieler Studierenden und Dozenten. Für heftige Reaktionen hatte bereits die Einführung von Studienbeiträgen im Jahr 2007 gesorgt. Die Umsetzung der Bologna-Reform und die Studienbeiträge führten Ende 2009 schließlich zu einer mehrwöchigen Besetzung des Audimax der LMU. Der Bologna-Prozess wird, nach einigen Anlaufschwierigkeiten, mittlerweile breit unterstützt und die Studienbeiträge, mit denen unter anderem Lehrkräfte und Tutoren angestellt wurden, sind seit dem Wintersemester 2013/14 wieder abgeschafft.Aber auch neben Bologna und Exzellenzinitiative hat sich an der LMU in den letzten Jahren vieles getan: Die Universität gewann an internationaler Ausstrahlung, etwa durch die Kooperation mit US-amerikanischen oder chinesischen Universitäten. Gleichzeitig besucht ein hoher Anteil an ausländischen Studierenden die Münchener Universität, während die LMU-Studierenden unter den deutschen Hochschulen zu den fleißigsten Teilnehmern des Erasmus-Programms zählen. Die LMU hat sich 2007 mit dem „LMU Corporate Design“ ein unverwechselbares Erscheinungsbild gegeben. Unverkennbar prangt heute das LMU-Logo auf Briefbogen, T-Shirts, Uhren oder im Internet. Die LMU-Homepage indessen wurde in den vergangenen Jahren zunehmend zur wichtigen Informationsplattform für Studierende, Medien und an der Universität Interessierte ausgebaut, die sich so über Studium, Forschung und aktuelle Themen informieren können.
2012 schnitt die LMU sehr erfolgreich bei dem bundesweiten Qualitätspakt Lehre ab: Ihr Antrag Lehre@LMU wurde bis 2021 mit rund 46 Millionen Euro gefördert. Lehre@LMU hat dabei drei Ziele umgesetzt: Zum einen wurde durch integrative didaktische Konzepte die Forschungs- und Praxisorientierung in der Lehre systematisch verstärkt. Zudem wurde das Betreuungs- und Beratungsangebot für Studierende zielgruppenspezifisch ausgebaut, um sie bei ihrer wissenschaftlichen und beruflichen Entwicklung kontinuierlich zu begleiten. Die Diversität der Studierendenschaft an der LMU produktiv nutzend, wurden kritische Übergangsphasen der Bildungsbiographien von Studierenden durch die Verbesserung der Betreuung und Beratung aktiver gestaltet. Dafür wurden, als drittes Ziel, das wissenschaftliche und beratende Personal, aber auch studentische Tutoren, durch spezifische Weiterbildungsprogramme gezielt weiterqualifiziert. Eine weitere Erleichterung für das studentische Leben existiert seit dem Wintersemester 2013/14: Die Studierenden der LMU (und anderer Münchener Hochschulen) können endlich ein Semesterticket erwerben, das ein Semester lang für das gesamte MVV-Verbundnetz gilt.
2019 erhält die LMU in der Exzellenzstrategie des Bundes und der Länder den Zuschlag für die Förderung als Exzellenzuniversität. Die erstmals auf Dauer angelegte Förderung in der Exzellenzstrategie bietet der LMU nun die Möglichkeit, mit dem langfristigen Programm „LMUexcellent: A New Perspective“ ihre erfolgreiche Strategie weiterzuentwickeln und ihre Position als internationale Spitzenuniversität weiter auszubauen. Ein wichtiges Element dabei ist die Flexibilisierung der Rekrutierung mit dem Ziel, bestehende Forschungsgebiete zu stärken, neue schnell zu besetzen und weitere herausragende Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler für die LMU zu gewinnen.
